Dvar Hashem Me'Yerushalmi: Limited Mabul?

Shekalim 6:2 (26a in the Vilna Yerushalmi; 17a in the Vilna Bavli):

המוצאים זה הים הגדול ולמה נקרא שמו מוצאים כנגד שני פעמים שיצא אחד בדור אנוש וא' בדור הפלגה רבי לעזר בשם רבי חנינה בראשונה יצא עד קלבריאה ובשנייה יצא עד כיפי ברבריאה רבי אחא בשם ר' חנינה בראשונה יצא עד כיפי ברבריאה ובשנייה יצא עד עכו ועד יפו (איוב לח) עד פה תבא ולא תוסיף עד עכו תבא ולא תוסיף ופה ישית בגאון גליך עד יפו אשית גאון גליך

The parallel Midrash Rabba, end of Parasha 23:

דרש ר' אבהו אוקינוס גבוה מכל העולם אר"א בן מנחם והלא מקרא מלא הוא (עמוס ה) הקורא למי הים וישפכם על פני הארץ ה' שמו אתמהא כזה שהוא שופך מלמעלן למטן ב' פעמים כתיב הקורא למי הים כנגד ב' פעמים שעלה הים והציף את העולם ועד היכן עלה בראשונה ועד היכן עלה בשנייה רבי יודן ורבי אבהו ור"א בשם רבי חנינא בראשונה עלה עד עכו ועד יפו ובשנייה עלה עד כפי ברבריאה רבי חנניא ורבי אחא בשם רבי חנינא בראשונה עד כפי ברבריאה ובשנייה עד עכו ועד יפו הה"ד (איוב לח) ואומר עד פה תבוא ולא תוסיף ופה ישית בגאון גליך עד פה תבא ולא תוסיף עד עכו תבא ולא תוסיף ופה ישית בגאון גליך ביפו ישית בגאון גליך רבי אליעזר בשם רבי חנינא אמר בראשונה עלה עד קלבריאה ובשנייה עד כפי ברבריאה

'He calleth for the waters of the sea is written twice,
corresponding to the two times that the sea came up and
inundated the world. How far did it come up on the first
occasion and how far on the second? R. Judan, R. Abbahu,
and R. Eleazar in R. Chanina's name said : On the first it
came up as far as Acco and Jaffa, while on the second it
came up as far as the coasts of Barbary. R. Huna and
R. Aha in R. Chanina's name said : On the first, as far as the
coasts of Barbary ; on the second, as far as Acco and Jaffa,
as it is written, And said: Thus far ('ad poh) shalt thou come,
but no further, etc. (Job xxxviii, n): ' Thus far ('ad poh)
shalt thou come ' means as far as Acco : And here shall thy
proud waves be stayed (u-foh yashith) intimates as far as
Jaffa (Yaffa). R. Eleazar said: At the first, as far as
Calabria; at the second, as far as the coasts of Barbary.

The commentary on the Midrash ascribed to Rashi states that these parallel passages have nothing to do with the Mabul. But the Rashash in his commentary to the Midrash asserts that the reference to the second flood in Dor Haflagah is to the Mabul. In evidence, he cites a prior Midrash Rabba, in Parasha 5:

אר"א מתחלת ברייתו של עולם גזר הקדוש ברוך הוא ואמר יקוו המים למה הקורא למי הים הקורא למי הים ב' פעמים אחת בדור המבול ואחת בדור אנוש בשביל (קהלת ג) והאלהים עשה שייראו מלפניו

R. Eleazar said: From the very beginning of the
world's creation the Holy One, blessed be He, issued a
decree, saying, ' Let the waters under the heaven be gathered
together unto one place J Wherefore then [is it written],
That calleth for the waters of the sea, and poureth them out
upon the face of the earthy twice? Once was in the generation
of Enosh, and a second time in the generation of the
Separation [of races]. And God hath so made it (Eccl. in,
14): all that He has done is in order That men should fear
before Him (ib.).

See also the Radal to the first Midrash for geographical analysis.

See also, from http://books.google.com/books?id=MvUyAQAAMAAJ&pg=PT15&lpg=PT15&dq=%D7%A7%D7%9C%D7%91%D7%A8%D7%99%D7%90%D7%94+%D7%91%D7%A8%D7%91%D7%A8%D7%99%D7%90%D7%94&source=bl&ots=i1gWY2WnDu&sig=UyaoWcLUa6ghDJP7qPfwMXQWOqw&hl=en&sa=X&ei=gwl9VPLdKbLIsQTDy4KYCw&ved=0CDIQ6AEwAg#v=onepage&q=%D7%A7%D7%9C%D7%91%D7%A8%D7%99%D7%90%D7%94%20%D7%91%D7%A8%D7%91%D7%A8%D7%99%D7%90%D7%94&f=false